BIOLOGY WORKBENCH

Es una herramienta basada en la web para los biólogos. El banco de trabajo permite a los biólogos a buscar modelos más usuales de proteínas y bases de datos de secuencias de ácidos nucleicos. Búsqueda de base de datos está integrada con acceso a una amplia variedad de herramientas de análisis y modelización, todo dentro de una interfaz de apuntar y hacer clic que elimina los problemas de compatibilidad de archivos de formato.

como usar http://workbench.sdsc.edu/ una herramienta educativa en la que Podemos guardar secuencias de proteínas, realizar alineamientos, y sus diferentes formatos.

1. registrarse "requerimiento"

2.ingrese a la seccion de herramientas "SESSION TOOLS"

a. seleccionamos copy session

3.seleccionamos la herramienta proteínas tools 

a. añadir una nueva secuencia de proteína

4. añadimos un segmento de un proteína le damos nombre y la guardamos 

5.verificamos en diferentes formatos

selecionamos un resultado 

2.

EMBL-EBI, Instituto Europeo de Bioinformática.

Las raíces del EMBL-EBI en el EMBL secuencia de nucleótidos Biblioteca de Datos  (ahora conocido como EMBL-Bank), que se estableció en 1980 en los laboratorios del EMBL en Heidelberg, Alemania, y fue el mundo primera secuencia de nucleótidos base de datos.La meta original era crear una base de datos central de secuencias de ADN, en lugar de que los científicos presenten secuencias para revistas. Lo que comenzó como una modesta tarea de abstraer información de la literatura pronto se convirtió en una actividad importante base de datos directos con presentaciones electrónicas de datos y la necesidad de personal informático altamente cualificado. La tarea creció en escala con el inicio de los proyectos del genoma, y creció en la visibilidad de los datos se hizo relevante a la investigación en el sector comercial. Pronto se hizo evidente que la secuencia de nucleótidos EMBL Data Library necesaria una mayor seguridad financiera para garantizar su viabilidad a largo plazo y hacer frente a la magnitud de la tarea.También había una necesidad de investigación y desarrollo para proporcionar servicios, colaborar con socios globales para apoyar el proyecto y para brindar asistencia a la industria. Con este fin, en 1992, el Consejo aprobó la creación EMBL el Instituto Europeo de Bioinformática y situarla en el Wellcome Trust Genome Campus , en el Reino Unido, donde sería muy cerca de los principales esfuerzos de secuenciación en el Wellcome Trust Sanger Institute . Desde 1992 hasta 1995, una transición gradual de las actividades de Heidelberg se llevó a cabo, hasta que en septiembre de 1995 el EMBL-EBI ocupó su posición actual en el Campus Wellcome Trust Genome.

www.ebi.uniprot.org

Como Usar www.ebi.uniprot.org :
ingrese a www.ebi.uniprot.org:
1.ejemplo escribir en la barra del buscador "kinase"

2. seleccione un resultado copie la secuencia fasta y realizar BLAST # de A.A















3. Resultado de la búsqueda Realizar el alineamiento

4. Analizar un residuo o segmento información complementaria
















Nota: Realizar la secuencia a diferentes organismos y comparar los alineamientos

( NCBI ) El Centro Nacional de Información sobre Biotecnología

El Centro Nacional de Información sobre Biotecnología ( NCBI ) 

forma parte de la Biblioteca Nacional de Estados Unidos de Medicina (NLM), una rama de los Institutos Nacionales de Salud . El NCBI está situado en Bethesda, Maryland y fue fundada en 1988 a través de la legislación patrocinada por el senador Claude Pepper . Las casas de NCBI genoma secuencia de datos en GenBank y un índice de los artículos de investigación biomédica en PubMed Central y PubMed , así como otra información relevante para la biotecnología . Todas estas bases de datos están disponibles en línea a través de la Entrez motor de búsqueda.

NCBI está dirigida por David Lipman , uno de los autores originales del BLAST programa de alineación de secuencias y una figura muy respetada en la bioinformática . También dirige un programa de investigación intramural, incluidos los grupos liderados por Stephen Altschul (otro BLAST co-autor), David Landsman, y Eugene Koonin (un autor prolífico en la genómica comparativa )

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

BLAST 

 es un programa informático dealineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos. El algoritmo encuentra las secuencias de la base de datos que tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es importante mencionar que BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la solución correcta. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados que se obtienen.Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por lo general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla con otras secuencias que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función. El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU., por lo que es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). También está disponible para ser instalado localmente. Algunas ventajas de usar el servidor del NCBI son que el usuario no tiene que mantener ni actualizar las bases de datos y que la búsqueda se hace en un cluster de computadoras, lo que otorga rapidez. Las desventajas son: no se permiten hacer búsquedas masivas dado que es un recurso compartido, no se puede personalizar las bases de datos contra la que busca el programa, y las secuencias son enviadas al servidor del NCBI sin ningún tipo de cifrado, lo que puede ser un problema para quienes quieran mantener sus secuencias privadas. La aplicación local de BLAST tiene la ventaja de que permite manejar varios parámetros que en las búsquedas de NCBI están estandarizados, por lo que provee una mayor flexibilidad para los usuarios avanzados.

LINK: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

GenBank

GenBank

es la base de datos de secuencias genéticas del NIH (National Institutes of Health de Estados Unidos), una colección de disponibilidad pública de secuencias de ADN. Realiza una puesta al día cada dos meses.

GenBank es parte de International Nucleotide Sequence Database Collaboration, que está integrada por la base de datos de ADN deJapón (DNA DataBank of Japan (DDBJ)), El Laboratorio Europeo de Biología Molecular (European Molecular Biology Laboratory (EMBL)), y el GenBank en el National Center for Biotechnology Information. Estas organizaciones intercambian datos diariamente. GenBank y sus colaboradores reciben secuencias genéticas producidas en laboratorios de todo el mundo, procedentes de más de 100.000 organismos distintos. GenBank continua creciendo a ritmo exponencial, doblando la cantidad de información contenida cada 10 meses.

Las comunicaciones directas con GenBank se hacen utilizando BankIt, que es un formato basado en la Web, o el programa independiente Sequin. Tras la recepción de una secuencia, el personal de GenBank asigna un número de acceso a la secuencia y realiza controles de calidad. Luego, las presentaciones son publicadas en la base de datos pública, en donde las entradas son recuperables por Entrez o se puede descargar por FTP. La mayoría de las presentaciones de Expressed Sequence Tag (EST), Sequence Tagged Site (STB), Genome Survey Sequence (SSG) y High-Throughput Genome Sequence (HTGS) son presentadas por los grandes centros de secuenciación. El grupo de presentaciones directas de GenBank también procesa las secuencias completas del genoma microbiano.

dbSNP

La base de datos de polimorfismo de nucleótido único (dbSNP)

[Base de datos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y múltiples variaciones de pequeña escala que incluyen inserciones / deleciones, microsatélites, y variantes no polimórficos.]

Es un archivo público y gratuito para la variación genética dentro y entre las diferentes especies desarrollados y acogido por el Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (NCBI) en colaboración con el National Human Genome Research Institute(NHGRI). Aunque el nombre de la base de datos implica una colección de una clase de polimorfismos solamente (es decir, polimorfismos de nucleótido único (SNP)), que, de hecho, contiene un rango de variación molecular: SNPs , y corta deleción polimorfismos de inserción ( indeles / DIP),  de microsatélites marcadores orepeticiones cortas en tándem (STRs), polimorfismos multinucleotide (MNPs), las secuencias de heterocigotos y variantes  con nombre. El dbSNP acepta polimorfismos aparentemente neutrales, polimorfismos correspondientes a fenotipos conocidos, y las regiones de ninguna variación. Fue creado en septiembre de 1998 como complemento a GenBank , NCBI colección de ácido nucleico a disposición del público y secuencias de proteínas. 

A partir del construido 131 (disponible febrero de 2010), dbSNP había acumulado más de 184 millones presentaciones que representan a más de 64 millones de variantes distintas para 55 organismos, incluyendo el Homo sapiens ,Mus musculus , Oryza sativa , y muchas otras especies. Una lista completa de los organismos y el número de presentaciones para cada uno se puede encontrar en: 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_summary.cgi

PubMed

PubMed  (PubMed incluye más de 22 millones de citas de la literatura biomédica de MEDLINE, revistas de ciencias de la vida y los libros en línea. Las citas pueden incluir vínculos a contenido de texto completo desde PubMed Central y sitios de los editores web.)
es una base de datos de libre acceso a todo el MEDLINE base de datos de referencias y resúmenes sobre las ciencias de la vida y temas biomédicos. El United States National Library of Medicine (NLM) en el Instituto Nacional de Salud mantiene la base de datos como parte de la Entrez recuperación de la información del sistema. PubMed fue lanzado por primera vez en enero de 1996. 

Contenido

Además de MEDLINE, PubMed proporciona acceso a:
mayores referencias de la versión impresa del Index Medicus de nuevo a 1951 y anteriores;
referencias a algunas revistas antes de que fueran indexadas en Index Medicus y Medline, por ejemplo, la ciencia , BMJ , y Annals of Surgery ;
mismas entradas recientes a los registros de un artículo antes de que se indexan con Medical Subject Headings (MeSH) y se añade a MEDLINE y
una colección de libros disponibles a texto completo y otros subconjuntos de registros NLM. 
Muchos registros en PubMed contener links a artículos de texto completo, algunas de las cuales son de libre acceso, a menudo en PubMed Central y espejos locales como UK PubMed Central . 
Información sobre las revistas indizadas en PubMed se encuentra en el Catálogo de NLM. 
A partir del 13 de agosto 2012 , PubMed tiene más de 22 millones de registros que se remontan a 1966, de forma selectiva en el año 1865, y muy selectivamente a 1809, alrededor de 500.000 nuevos registros se agregan cada año, 12.380.000 de estos artículos se muestran con sus resúmenes y 12,81 millones tienen enlaces a artículos de texto completo (de los cuales 3,54 millones los artículos están disponibles en texto completo de forma gratuita por cualquier usuario). Para ver el tamaño actual del tipo de base de datos "1800:2100 [dp]" o "todos [sb]" en la ventana de búsqueda PubMed